Utilizando Markdown para edição de artigos cientíticos

Introdução

O Markdown é uma linguagem de marcação projetada para aumentar a eficiência em que você escreve, mantendo a escrita semelhante ao um texto.

Para conhecer os marcadores indico três sites:

O objetivo desse artigo é mostrar sucintamente como utilizar o markdown para escrever artigos científicos, mas nada impede a edição de trabalhos, relatórios, bloco de notas, etc. São n! vantagens, mas umas das principais é que você pode editar seu texto por meio de um simples bloco de notas, através do tablet, celular, etc. Posteriormente, é só transformar para o formado desejado.

Os artigos que utilizei como referências foram Daniel J. Hocking e recurrentprocessing.


Programas necessários

  • Editor de text da sua preferência.
  • Também é necessário LaTex
  • Outro programa fundamental é o PANDOC.
    • Siga as instruções para instalação.
    • No linux eu instalei via terminal com os comandos:
      cabal update
      cabal install pandoc pandoc-citeproc
  • Depois talvez seja necessário ativar o caminho, no terminal:
    gedit ~/.bashrc
    * Adicione na última linha: export `PATH=~/.cabal/bin:$PATH`
    * Reiniciar o sistema.

Editando o texto

Abra o editor de texto e insira o seguinte texto:

# Introdução
 
blablablbalbalbal balbalbal blalblalbla Researchers have been
involved in developing systems to support decision taking ([@HAFFAR1992K],
[@LAZZARI1996M], [@HETZ1997B], [@SAHU2008R].  A agricultura é composta por
modelos de produção, sendo eles, a agricultura tradicional, agricultura
convencional e agricultura agroecológica, definidas por ...
 
# Material e Métodos
 
Teste Teste Teste Teste Teste Teste Teste Teste Teste Teste Teste
Teste Teste Teste Teste Teste Teste Teste Teste Teste Teste Teste Teste
Teste Teste Teste Teste Teste Teste Teste.
 
Vamos inserir uma equação no formato latex
 
$$
Y^2 = \frac{X + 1}{ B + 3}
$$
 
## Etapa 1
 
Teste Teste Teste Teste Teste Teste Teste Teste Teste Teste Teste
Teste Teste Teste Teste Teste Teste Teste Teste Teste Teste Teste Teste
Teste Teste Teste Teste Teste Teste Teste.
 
# Referências

Agora salve o texto com o nome PAPER1.md. Note que foi inserido algumas referências, por exemplo [@LAZZARI1996M]. Você pode preparar seu arquivo BibTex utilizando o Mendeley. Para o exemplo o arquivo já está pronto, faça o download do arquivo BIBTEX aqui e deixe tudo na mesma pasta. Salve com o nome REFS.bib. Agora na sua pasta você tem os seguinte arquivos:

  • PAPER1.md
  • REFS.bib

Usando o PANDOC

Transformando seu Texto com a extensão .md para .docx:

No terminal do linux ou prompt do windows digite:

pandoc -s PAPER1.md --bibliography REFS.bib --mathml -o PAPER.docx

Abra o arquivo no Word ou no Libreoffice. Se tudo correu bem seu paper está com todas as citações em ordem alfabética no final do texto.

Ainda é possível melhorar, digamos que a revista que você quer publicar está relacionada nesse LINK. Vamos escolher a revista Field Crops Research, clique sobre o nome da revista para obter um arquivo .csl e salve na mesma pasta. Novamente no terminal do linux ou no prompt do windows digite:

pandoc -s PAPER1.md --mathml --bibliography REFS.bib --csl field-crops-research.csl  -o PAPER.docx

Agora, as referências estão no formato solicitado pela revista Field Crops Research.

Caso seja necessário um arquivo PDF, não há problema. Apenas altere a extensão do arquivo .docx para .pdf.

pandoc -s PAPER1.md --mathml --bibliography REFS.bib --csl field-crops-research.csl -o PAPER.pdf

Para quem já trabalha com LaTex é possível criar um arquivo com as formatações desejadas. Digamos que no seu preâmbulo há os seguintes pacotes:

\usepackage{setspace}
\doublespacing
\usepackage[vmargin=1in,hmargin=1in]{geometry}
\usepackage{lineno}
\linenumbers

Salve seu preâmbulo com a extensão .sty, vamos chamar de FORMAT.sty. Agora é só indicar no pandoc.

pandoc -s PAPER1.md -H FORMAT.sty --mathml --bibliography REFS.bib --csl field-crops-research.csl  -o PAPER.pdf

Para saber mais sobre o PANDOC acesse GUIDE.

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